התיר נישואין עם הקראים.

פסק כי ביתא ישראל הם יהודים לכל דבר, “ומותרים לבוא בקהל ישראל ללא שום גיור, אפילו לא לחומרא”. פסיקה זו הייתה ועודנה יוצאת דופן בין פוסקי ההלכה של הזמן הזה. פסיקה זו הובילה להחלת חוק השבות על יהודי אתיופיה.

התיר את כל העגונות של חללי מלחמת יום הכיפורים.

מביע התנגדות נחרצת לחבישת פאה נוכרית, ובכך הוא יוצא בעיקר נגד הציבור הליטאי (יביע אומר, ה, אה”ע ה).

הביע עמדה עקרונית, שמצוות יישוב ארץ ישראל אינה עומדת בפני פיקוח נפש, תוך שהוא שם לפתחם של המומחים (ראשי צבא ומדינאים) להחליט האם מציאות מסוימת היא בבחינת פיקוח נפש. באם התשובה חיובית, ניתן להחזיר שטחי ארץ ישראל. (מאמר בתחומין, י, מסירת שטחים בא”י במקום פיקוח נפש).

תומך בהיתר מכירה בשנת השמיטה,‏‏ (יביע אומר, ג, יו”ד יט) ובכך הולך אחר מסורת פסיקה ספרדית בנושא זה.

אסר לומר הלל בברכה ביום העצמאות.‏‏ בין השאר נימק את האיסור: “הואיל ועדיין רב הדרך לפנינו כדי להגיע אל המנוחה ואל הנחלה, הן מבחינה מדינית וצבאית, והן מבחינה מוסרית ורוחנית, לפיכך אין לחייב לגמור ההלל בברכה”, אך הוסיף “ומ”מ נראה לענ”ד שאם הקהל רוצים לומר הלל בלא ברכה אחר תפילת י”ח אין למחות בידם” (יביע אומר, ו, או”ח מא).

ב-24 במרץ 2008 אשרה הכנסת חוק הקובע כי מוות מוחי הוא מוות לכל דבר. מפלגת ש”ס תמכה בחוק, לאור הוראתיהם של הרב יוסף והרב שלמה משה עמאר. חרף התמיכה בחוק, הרב יוסף קרא שלא לחתום על כרטיס אדי‏‏. הרב יוסף לא שינה דעתו משנת תשכ”ז שבה אסר השתלת איברים לחינם אלא במקרה של פיקוח נפש מידי וגם בו צריך התייעצות עם גדולי הדור.