הרב יוסף אינו נרתע מלמתוח ביקורת נוקבת על מנהגי עדות שאינם מתאימים לדעתו להלכה. באחת מדרשותיו אמר כי הרב שלום משאש סיפר לו שהנשים היהודיות במרוקו “לא ידעו כלום. אוכלות ושותות כמו בהמה”. זאת משום שהן חותנו בגיל צעיר, לא ידעו קרוא וכתוב ולא ידעו לברך. את יוצאי מרוקו שסירבו לציית לדרישתו הבלתי מתפשרת לוותר על מנהגיהם הייחודיים כינה “אנשים עקשנים שבאו ממרוקו”, “הם חושבים שהמנהגים שלהם הם הלכה למשה מסיני”. עוד אמר שחלק מיוצאי כורדיסטן לא ידעו בעבר להתפלל והיו חוזרים מילה במילה אחר החזן. גם על בני עדתו, העיראקים, אמר פעם שהם משובשים. באחת מדרשותיו אמר: “אני אוהב את כל העדות באופן שווה… למשל העדות של הבבלים נכשלים בדבר אחד, כשעושים הדלקת הנרות בערב שבת, קודם מדליקים את הנרות ואחר כך מברכים… ואני אמרתי שהבבלים עושים בזה שלא כהוגן. אז אני שונא בבלים? אני בבלי בעצמי. הלכה זה הלכה. הלכה לא פוחדת משום אדם”.