הרב יוסף מתנגד להליכה לבתי המשפט הישראלים, מאחר שאינם דנים על פי דין תורה. התנגדותו תואמת את עמדת הרבנות החרדית בישראל וגם זו של חלק מרבני הציונות הדתית (דוגמת הרב הרצוג והרב יעקב אריאל) הרואה בהליכה למערכת המשפט הישראלית איסור מדאורייתא. הרב יוסף כתב:
“”ודע כי אף על פי שהסמכות החוקית כיום מטעם הממשלה לדון היא לבתי המשפט החילוניים והשופטים שם יהודים הם, עם כל זה ברור על פי דין תורתנו הקדושה – התובע את חבירו בבתי משפט שלהם גדול עוונו מנשוא, והוא בכלל מה שפסקו הרמב”ם והטור והשולחן ערוך, שכל הדן בערכאות [בתי משפט] שלהם הרי זה רשע וכאילו חרף וגידף והרים יד בתורת משה רבינו”” (שו”ת יחוה דעת חלק ד סימן סה)
הרב יוסף נמצא בקרב המחנה הרבני המתון בהחילו על המקרה הישראלי את הכלל דינא דמלכותא דינא, ומכאן שאסור להעלים מס וכיוצא בזה. אך בעניינים שבין אדם לחברו הוא אינו מתיר לפסוק בניגוד לדיני התורה.
בפברואר 1999 התבטא הרב יוסף נגד בית המשפט העליון:
“אלו קוראים את עצמם בית משפט עליון? לא שווים. בבית משפט תחתון צריך לשים אותם. הם, בשבילם ברא את כל הייסורים שבעולם. כל מה שישראל סובלים, רק בשביל הרשעים האלה. ריקים ופוחזים. שיפחה כי תירש גבירתה. מה הם יודעים? ילד שלנו בן 8-7 שנה יודע ללמוד יותר טוב מהם ללמוד תורה. אלה שמו אותם בבית משפט עליון. מי בחר בהם, מי עשה אותם שופטים, אלא שר המשפטים, צר ואויב הוא אהב אותם והוא המליץ שצריכים לבוא אצל הנשיא והנשיא שם אותם שופטים. מה, עשו בחירות? מי אמר שהעם רוצה כאלה שופטים רשעים כאלה. כולם סוררים ומורים. אין להם לא דת ולא דין. כולם בועלי נידות. כולם מחללי שבת. אלה יהיו השופטים שלנו? עבדים משלו בנו” .
בעקבות התבטאות זו עתרה התנועה למען איכות השלטון בישראל לבג”ץ, בתביעה שיורה להעמיד לדין את הרב יוסף. בג”ץ דחה את העתירה[בהסתמכו על עקרון חופש הביטוי, אך מתח ביקורת על דבריו של הרב יוסף. הנשיא אהרן ברק כתב בפסק דינו:
“דבריו של הרב עובדיה יוסף, קשים הם. תוכנם של הדברים פוגע. הוא פוגע במעמדו של הרב עובדיה יוסף עצמו. הוא פוגע באמון ציבור תומכיו בבית המשפט. לא כך מתבטא גדול בתורה ומנהיג פוליטי. לא זהו המסר שדיין לשעבר – המבין והיודע את מורכבותו של התפקיד השיפוטי – צריך להעביר לקהל המתדיינים”
באוגוסט 2009, בעקבות הרשעתו של השר שלמה בניזרי, תקף הרב יוסף את שופטיו של בניזרי, ואמר “צר לנו מאוד על משפט העוול שנעשה לידידנו רב הפעלים, שעוסק בכל ימיו בלהרביץ תורה ולהאדירה. אוי לנו שיש לנו בית משפט מעוות כזה. אין להם לא דת, לא דין, לא מאמינים בשום דבר”