בשנת תש”ד נשא לאשה את רעייתו הרבנית מרגלית ע”ה ואז החל לכהן כדיין בבית דינו של רבו הגאון רבי עזרא עטיה, בתפקיד זה כיהן עד שנת תש”ז (1947) אז נשלח, כשהוא בן עשרים ושבע, לכהן פאר כאב בית הדין של מצרים, וכרבה של קהיר, (שמנתה באותם ימים למעלה משלושים אלף יהודים), בתפקידו זה עשה הרב רבות ונצורות, והעמיד תלמידים רבים, כשחלקם אף שימשו לאחר מכן כרבני קהילות ברחבי העולם. בתקופה זו, שנות תקומתה של מדינת ישראל סבל הרב רבות משלטונות מצרים אשר דרשו מהרב למסור את כל שיעוריו התורניים בשפה הערבית, אולם הרב סירב לדבר בכל מחיר, והודיע כי את התורה יש ללמד בלשון שבה היא ניתנה לעם ישראל, בשפה העברית בלבד, על התעקשותו זאת שילם הרב מחיר כבד בהטרדות ומעצרי שוא מצד השלטון, אולם על אף הכל נשאר הרב איתן בדעתו. שנים אלו ומוראותיהם המחישו את מנהיגותו של הרב לא רק ברגעי שלום ושלוה אלא אף ברגעי מלחמה וסבל. ואמנם עם האויבים הצליח הרב להתמודד בהצלחה אולם עם אחיו היהודים, מרשיעי ברית לא הצליח הרב להתמודד כשגולת הכותרת למאבקו של הרב היה על סדרי הכשרות במצרים, כשהממונה על הכשרות היחיד שהיה במקום היה רשע ומומר להכעיס, ומאכיל את ישראל בשר גמלים, כשגילה זאת הרב שלח לקרוא אליו את ראש השוחטים, והתרה בו על סדרי הכשרות שאינם נאותים, הלה זעם מאד על הרב והחליט להתריע ברב שלא יתחיל עימו בשכרו ערבים שיזרקו על הרב חומצה, מאת ה’ באותו יום איחר הרב להגיע לבית הכנסת ואותם ערבים זרקו את החומצה על אדם אחר הדומה בתוארו להרב, אותו אדם אושפז בבית החולים למשך מספר חודשים עד שהחלים. בהיוודע מעשה זה לרב העביר מתפקידו את ראש השוחטים, הלה לא נרתע ומיד הגיע לביתו של הרב עם אקדח, באיימו על חייו של הרב. הרב לא נרתע ממנו ומימש את פיטוריו ללא כל חשש. אולם הדברים לא התנהלו כפי חפצו של הרב ובית החולים היהודי היחיד במקום היה מאכיל את החולים בשר פיגולים, וכל בקשותיו של הרב לשינוי מצב זה נידחו על ידי הנהגת הקהילה על הסף, בראות הרב שאין הוא מצליח לשנות סדרים אלו, התפטר מתפקידו, באומרו כי אינו יכול לקבל אחריות על הנעשה במקום. צעד אמיץ זה ניתן לציון כיון שהרב כבר היה מטופל במספר ילדים קטנים ופרנסתו בתפקיד זה היתה מרווחת ביותר, אולם לא דברים כאלו ישנו את דעתו של הרב, כשהוא עוזב את מצרים, לאחר שהות בת שלש שנים בלבד, בדרכו לארץ ישראל.