הרב יוסף דבק במסורת הספרותית ואינו נותן משקל רב למנהגים אשר אינם מעוגנים היטב על אדני ההלכה. דוגמאות לכך ניתן לראות בהתנגדותו לשני מנהגים בבית הכנסת של יהודי צפון אפריקה – עמידה בעת קריאת עשרת הדיברות בבית הכנסת, ושילוב הציבור במהלך התפילה (למשל, אמירת “ברוך הוא וברוך שמו” בברכות שיוצאים בהן יוצאים ידי חובה, קריאת הציבור “בסימנא טבא” לפני התחלת הקריאה בספר בראשית). נסיונותיו של הרב יוסף לשנות מנהגים עממיים מושרשים היטב, קוממו עליו חלק מרבני יהדות צפון אפריקה.