לרב יוסף יחס אמביוולנטי בנוגע לראיית הציונות כ”אתחלתא דגאולה”‏. בפסיקה מפורסמת בנוגע לאמירת הלל ביום העצמאות הוא טוען שאירע נס לעם ישראל, אך מאחר שהנס לא כלל את כל העם היהודי אלא רק את אלה שישבו בארץ ישראל, אין לברך הלל עם ברכה. טענה נוספת של הרב יוסף היא שעל הנס להיות מחוץ לטבע (כמו, למשל, קריעת ים סוף), ומאחר שמלחמות ישראל אינן מחוץ לטבע, שכן אלה טבען של מלחמות, שמנצחים בהם לפעמים, אין לקבוע הלל עם ברכה. בתשובתו הוא אינו מתנגד לקביעה שמדינת ישראל היא “אתחלתא דגאולה”, אלא סבור שאנו בתחילת הדרך לגאולה ולנחלה, ולכן אין לחייב לגמור הלל עם ברכה. הרב יוסף פוסק, אם כך, “שאם הקהל רוצים לומר הלל בלא ברכה אחר תפילת י”ח אין למחות בידם”‏. עמדה זו ניצבת, בקווים כלליים, בין עמדת הציונים הדתיים המחייבים אמירת הלל, ובין עמדת החרדים שבכלל אינם אומרים הלל.

לאחר שש”ס הואשמה באנטי-ציונות, השיב הרב יוסף בראיון עיתונאי:

“אלה סתם באו לנגח. מה זה אנטי-ציוני? זה הבל הבלים זה מושג שהם בדו מלבם. אני הרי שימשתי עשר שנים רב ראשי – תפקיד ממלכתי בכיר במדינה. במה אנו לא ציונים? אנו מתפללים על ציון, על ירושלים ועל תושביה, על ישראל ועל רבנן ועל תלמידהן. מה זה ציונים? לפי המושגים שלנו, ציוני הוא אדם האוהב את ציון ומיישם את המצווה של יישוב הארץ. תמיד אני מטיף בחו”ל לעלייה, במה הם יותר ציונים מאיתנו?””