ספרי מרן

• יביע אומר – שו”ת באחד עשר חלקים, על ארבעת חלקי השולחן ערוך.
• יחוה דעת – שו”ת בששה חלקים, על פי תכנית רדיו ששודרה בעבר עם הרב בימי שישי.
• חזון עובדיה – ספרי הלכה על חגים ומועדים: שו”ת בדיני חג הפסח – שני חלקים; הגדה של פסח; חנוכה ; פורים; ט”ו בשבט וברכות; ימים נוראים, שבת (ששה חלקים, הכרך האחרון יצא לאור לקראת ה30 לפטירתו), יום טוב, תעניות, אבלות, פרוזבול תרומות ומעשרות
• הליכות עולם – הערות והארות על ספר “בן איש חי” וספר “עוד יוסף חי”, שמונה חלקים.
• לוית חן – הערות על ספר משנה ברורה הלכות שבת.
• ענף עץ אבות – פירוש על מסכת אבות.
• טהרת הבית – הלכות טהרת המשפחה, שלושה חלקים.
• מאור ישראל – על הש”ס, רמב”ם ודרשות, ארבעה חלקים.
• משא עובדיה – דרשות שמסר הרב בכינוסים השנתיים של  אירוע תורה שבעל פה (במוסד הרב קוק) .

ספרים על פי תורתו

• משנת יוסף – סיכום השיעורים שנמסרו דרך הלווין והרדיו לרבבות צופים ומאזינים
• דרך המלך – סיכום השיעורים המיוחדים לבני תורה בכנסי בני תורה