יחסו למנהג ולמסורת

הרב יוסף דבק במסורת הספרותית ואינו נותן משקל רב למנהגים אשר אינם מעוגנים היטב על אדני ההלכה. דוגמאות לכך ניתן לראות בהתנגדותו לשני מנהגים בבית הכנסת של יהודי צפון אפריקה – עמידה בעת קריאת עשרת הדיברות בבית הכנסת, ושילוב הציבור במהלך התפילה (למשל, אמירת “ברוך הוא וברוך שמו” בברכות שיוצאים בהן יוצאים ידי חובה, קריאת הציבור “בסימנא טבא” לפני התחלת הקריאה בספר בראשית). נסיונותיו של הרב יוסף לשנות מנהגים עממיים מושרשים היטב, קוממו עליו חלק מרבני יהדות צפון אפריקה.

יחסו למדינת ישראל ולאזרחיה

לרב יוסף יחס אמביוולנטי בנוגע לראיית הציונות כ”אתחלתא דגאולה”. בפסיקה מפורסמת בנוגע לאמירת הלל ביום העצמאות הוא טוען שאירע נס לעם ישראל, אך מאחר שהנס לא כלל את כל העם היהודי אלא רק את אלה שישבו בארץ ישראל, אין לומר הלל עם ברכה. טענה נוספת של הרב יוסף היא שעל הנס להיות מחוץ לטבע, ומאחר שמלחמות ישראל אינן מחוץ לטבע, שכן אלה טבען של מלחמות, שמנצחים בהם לפעמים, אין לקבוע הלל עם ברכה. בתשובתו הוא אינו מתנגד לקביעה שמדינת ישראל היא “אתחלתא דגאולה”, אלא סבור שאנו בתחילת הדרך לגאולה ולנחלה, ולכן אין לחייב לגמור הלל עם ברכה. הרב יוסף פוסק, אם כך, “שאם הקהל רוצים לומר הלל בלא ברכה אחר תפילת י”ח אין למחות בידם”.‏‏ (יביע אומר, ו, או”ח יא).

בני ישיבות ושירות צבאי

הרב יוסף סבור שלמלחמות ישראל יש תוקף של “מלחמת מצווה”. אף על פי כן הוא מעודד את הצעירים להשאר בישיבות ולא להתגייס לצבא, כך ש”למרות הרגישות שחש הרב עובדיה ביחס לצה”ל הוא נטוע עמוק במסורת הרבנית של הישיבות בארץ ישראל, ומחזיק בעמדתם השוללת השתלבות בני ישיבות בצבא”. (בנימין לאו, אורתודוקסיה ליטאית בגוון מזרחי בתוך שלמון יוסף, אביעזר רביצקי ואדם פרזיגר (עורכים) אורתודוקסייה יהודית – היבטים חדשים. הוצאת מגנס: ירושלים. עמ’ 512).

נכדו של הרב יוסף מצביע על יחסו החיובי של סבו לחיילי צה”ל בכך שבכל פתיחת ההיכל הרב מברך “מי שבירך” לחיילי צה”ל. בנו של הרב יוסף, הרב אברהם יוסף, שירת בצה”ל בקבע כרב צבאי במשך כ-13 שנה.

היחס לחילונים

הרב יוסף מרבה לכנות את המצב העכשווי – “דור החופש והדרור”. ביטוי זה בא לבטא מציאות מודרנית של קהילה יהודית אשר איננה מחויבת להלכה, והסמכות הרבנית איבדה ממרכזיותה. במציאות זו הרב יוסף עורך הבחנה בין חילונים להכעיס, ובין “חילונים” שראה, למשל, במצרים, אשר לצד מחויבות פרקטית חלשה או לא מלאה, עמדה אמונה חזקה באלוהים ובחוקי התורה

את ה”מסורתיים” מבקש הרב יוסף לקרב, כל זאת, בין השאר, בעזרת פסיקה מקילה. למשל, בפסיקתו כי מחללי שבת אינם בחזקת מומרים לכל התורה, דהיינו אינם בחזקת גוי, ולכן אם נגעו ביין אינם פוסלים אותו.‏‏ (יבע אומר, א, יו”ד יא).

היחס למערכת החוק
הרב יוסף מתנגד להליכה לבתי המשפט הישראלים, מאחר שאינם דנים על פי דין תורה. הוא כותב:

“ודע כי אף על פי שהסמכות החוקית כיום מטעם הממשלה לדון היא לבתי המשפט החילוניים והשופטים שם יהודים הם, עם כל זה ברור על פי דין תורתנו הקדושה – התובע את חבירו בבתי משפט שלהם גדול עוונו מנשוא, והוא בכלל מה שפסקו הרמב”ם והשולחן ערוך, שכל הדן בערכאות [בתי משפט] שלהם הרי זה רשע וכאילו חרף וגידף והרים יד בתורת משה רבינו”. (שו”ת יחווה דעת חלק ד סימן סה).

הרב יוסף נמצא בקרב המחנה הרבני המתון בהחילו על המקרה הישראלי את הכלל דינא דמלכותא דינא, ומכאן שאסור להעלים מס וכיוצא בזה. אך בעניינים שבין אדם לחברו הוא אינו מתיר לפסוק בניגוד לדיני התורה.